La plupart des plantes terrestres forment des associations avec des champignons ou des bactéries. Les micro-organismes endophytes vivent à l’intérieur de la plante. Chez les graminées fourragères, ils améliorent la persistance de la plante et la protègent des ravageurs et des maladies. Certains d’entre eux sont toutefois toxiques pour les animaux.