Auf den meisten Schaf- und Ziegenalpen kommen Tiere aus unterschiedlichen Betrieben miteinander in Kontakt. Dadurch besteht das Risiko, dass sich die Tiere mit Krankheiten anstecken und diese zurück im Heimbetrieb weiterverbreiten. Bei den unten aufgeführten Erkrankungen kann eine Quarantäne, also eine zeitlich befristete Isolierung der zurückkehrenden Tiere, dazu beitragen, dies zu verhindern.